2000年初，甘肃天马初涉足职业联赛，乙级联赛三轮过后，甘肃职业足球的第一位教练———赵弓草草下课，足坛名宿、天马技术顾问严德俊随后亲自带队，并让其得意门生齐玉波挂印主帅。换帅并不能挽救一切，首次出征乙级联赛的甘肃天马在小组赛就铩羽而归，可是甘肃天马吸引了更多企业和人们的关注。同年8月，兰州黄河集团斥资320万元冠名甘肃天马。
2001年甘肃天马重新组队，预赛、复赛一路过关斩将，10月兵发上海，开始追逐自己的甲级梦。
2001年10月乙级联赛决战上海，首回合甘肃天马即率先淘汰了青岛海利丰，然而在与辽宁青少队争夺惟一一个升甲名额时，却遭到了裁判的不公平“待遇”，对主力球员王伟的一张红牌将甘肃天马的冲甲梦无情揉碎。 尽管如此，还是没能阻止甘肃足球的甲级梦，2001年10月，在省足协和球迷将申诉书递向中国足协的同时，天马俱乐部同时在暗暗酝酿着一个惊人举动。
11月底，甘肃天马以1800万元成功收购天津立飞完成“借壳升甲”，12月1日天马俱乐部在兰举行新闻发布会，随之亮相的则是陈亦明、刘国江、左树声、池明华等“大腕”组成的豪华教练班子。甘肃足球至此迈入了一个全新里程。
2002年1月，转场风波不期而至，时任天马俱乐部总经理的陈亦明和办公室主任董文龙二人和安徽开始了紧密接触，甘肃天马转场安徽秘密进行。在《兰州晨报》率先披露此事后，一石激起千层浪，社会各界及很多球迷都流露出了挽留天马的诚意，而省市更是以极大的真诚最终挽留住了天马。甘肃球迷于是开始期待属于他们的11个快乐的周末。
2002年3月16日，结束了三个月集训的甘肃天马返回了主场兰州，次日，甘肃农垦与天马俱乐部签订了600万元的冠名合同。
3月23日，甘肃农垦首次出征甲B联赛，虽然首场1：2负于青岛海利丰，但却没有浇灭甘肃球迷似火的热情，1．8万人的上座率让七里河体育场一时间名声大震。
职业联赛总是会有意想不到的变故，联赛进行到两个月后，陈亦明以身体不适应高原气候为由递交辞呈。同时天马董事会以前六轮成绩不佳为由，于5月23日宣布实行总教练负责制，严德俊接过帅印，儒帅刘国江黯然下课，助理教练左树声和守门员教练王毅随即辞职，豪华教练班子一夜解体。与此同时，天马俱乐部办公室主任董文龙、竞训部主任赵凯也先后离去。
导致刘国江的下课不仅仅是成绩，还有一个原因就是球队管理，这位儒帅一直认为，他们都是职业球员，应该能够自律。但事实却是，个别球员自第一场比赛就开始。球队管理混乱和队员之间的相互不团结与日俱增，刘国江在后期显然也非常清楚事态的严重性，但他却显得无能为力。几名主力球员已经不再听命于刘国江，个别领队、教练还有队员开始暗暗操纵着整个球队，这是一个非常可怕的信号，刘国江的下课也成了必然。 虽然天马经历了这样一次“大地震”，但甘肃的球迷却始终没有离开七里河体育场。之后省和体育局斥资300余万，对七里河体育场进行草坪和灯光改造。联赛第一阶段结束后，天马先后移师青岛和上海集训，天马旧帅齐玉 波此时走马上任，再次中途接过帅印。
2002年7月6日，联赛重新开战，但换帅后的甘肃天马还是没能走出阴影，一轮轮不胜，主场连续平局，积分一次次垫底。这样的成绩无疑倍受广大球迷质疑，严德俊、齐玉波有心但却无力挽回如此的局面。之后，又传出球、黑幕，还有蒙沙的离队和拖欠球员工资，所有这些无疑给天马蒙上了一层阴影。就这样直到赛季结束，甘肃天马首次甲级联赛征程就这样结束，成绩为5胜7平10负积22分，甲B联赛名次倒数第一。齐玉波在兰州渡过了他足球生涯最迷茫的一年，对于他来说，这是一支中途接手的球队、一群并不太了解的球员，一个痛苦而漫长的赛季……2002年的甘肃天马是由原立飞球员、原天马球员、转会球员和外援组合而成的一支队伍，能够将他们捏合在一起已属不易。收购天津立飞完成“借壳升甲”的甘肃天马，原立飞球员自然成为了天马的班底和主力。但事实却不尽如此，贾骥、任猛、朱艺、田野、郝龙、赵斌、杨峥、迟磊、周纯、李顺亮10名原立飞球员，坚持到最后一场比赛的只有任猛、田野、迟磊三人，除了这三名球员应该得到肯定外，大多数原天津立飞球员让人大失所望。在2002年初的国内球员转会市场上，甘肃天马摘下了刘昆、孙永成、麦广梁、王硕、桂平，并期望由他们来搭建主力阵容框架。可是惟一打完所有比赛，状态一直稳定的只有桂平一人，而麦广梁、王硕、刘昆和孙永成，论实力应该都是非常不错的球员，但情绪一度低落、球场上没有感觉、时好时坏的表现，还有让人有些看不懂的失误，以及其他种种原因，证明了这些队员并没有像预期的那样挑起大梁。在年初天马还引进了夷翔、卢鹏、安然三名21岁以下的小球员，可值得称道的只有夷翔一人。甲A看国脚，甲B看外援。首次组队参加甲级联赛的甘肃农垦队，原想通过三名外援来构筑球队的核心，但结果只有托尼一人孤军奋战到了联赛最后。在海埂集训期间，刘国江早早就将9号、10号、11号三个号码的球衣留给了外援，最终农垦队签下了西班牙外援蒙沙、加拿大外援托尼，在联赛首轮过后，又签下了保加利亚外援丹尼。蒙沙在联赛初期的表现令人惊奇，任意球直接得分，上演帽子戏法，可是之后蒙沙却自毁其中国之行———擅自将家属接到队中，无故超，不服从教练组战术安排，不接受医生治疗，在队中更是耍大腕，摆球星架子，和队友关系日益紧张。在被教练组处以1000美金的罚款后，蒙沙口头上表示服从但依旧我行我素。联赛第二阶段结束后，蒙沙再次超长达10天之久，到北京后，脚伤未痊愈的他却再次拒绝医治，原因是不相信中国的针灸、推拿疗法，坚持要求回西班牙治疗。但联赛即将开始，让其回国必定无法参加联赛最后阶段的比赛，教练组无奈只得提前解除了与蒙沙的合同。至于丹尼，参加了6场比赛却只有一球入账，作为一名前锋，不能破门是让人无法接受的。如此乏善可陈的表现，接过刘国江帅印的严德俊和齐玉波于是毫不犹豫将丹尼请退。
