2000年，深圳足球俱乐部为了加强梯队建设决定加大投入，将原来的二队分成二队和三队两支队伍。
2003年又组建了U15队，2004年深足陷入动荡致梯队建设停滞，梯队合并继续参加全国U-17联赛、U-19联赛。
2007年，深足与保定鸿鹄足球俱乐部签署梯队合作协议，建立深足后备梯队人才基地。
2008年9月深足梯队以“香雪上清饮”之名征战2008年－09年香港甲组足球联赛，深圳队创造一项记录就是成为首支同时征战内地和香港联赛的球队。但结果位列榜末而需降级到香港乙组足球联赛。最终随著降级二队也退出香港联赛。
2009年，南山少年足球倶乐部以提供训练基地及队员的方式入股深圳队，南山少年队的队员成为深足梯队的队员，深足的二、三线队伍亦代表深圳参加广东省运会和广东省中会。南山青少年俱乐部、前任助教谢育新带领的盐田少年队都作为深足梯队。但随着范育红下课、谢育新到广州市二线队任职后，深足与两者的关系发生了重大改变。
2013年，深圳红钻授权新乡市绿茵青少年体育俱乐部成立深圳红钻足球俱乐部后备人才训练基地。开展U系列梯队训练和组建。2013年，与陈永强足球培训班合作开展青少年足球培训工作。
2013年，与前外援马里科与同样曾效力深足的日科夫一起携手深圳红钻俱乐部，合作成立了“深圳红钻足球俱乐部马里科+日科夫青少年足球培训班”。
深足总裁曾震宇表示将建立青训
孔特拉（2014年12月18日至2015年7月22日）
领队：黎兵
队务：陈庆明
副领队：黄骏
助理教练：安赫尔.洛佩兹、马里瑞斯.尼古莱
体能教练：阿尔贝托.佩利班斯
预备队主教练：谢育新
预备队领队：邹宏杰
守门员教练：黄洪涛、李洋
理疗师：佛朗西斯科.马丁内斯
队医：范碧华
斯文·戈兰·埃里克森（2013年6月5日至2014年11月10日）
领队：黎兵
队务：陈庆明
副领队：黄骏
预备队主教练：谢育新
翻译：朱琳、李岩
队医：金日、范碧华
助理教练：罗杰、麦斯·大卫森
守门员教练：李洋、黄洪涛
体能教练：迪万
预备队体能教练：邹宏杰
理疗师：克莱伊顿
执教成绩：
中超：48场25胜10平13负，进球失64球
足协杯：3场1胜2负，进3球失6球
经典时刻：
2014年第4轮，广州富力6比2杭州绿城
2014年第11轮，广州恒大0比1广州富力
2014年第15轮，广州富力3比2江苏舜天
2014年第20轮，广州富力3比1北京国安
2014年第26轮，广州富力3比4广州恒大
2014年第28轮，山东鲁能3比3广州富力
2015年第27轮，广州富力1比0天津泰达
黎兵（2013年5月至2013年6月）
2013年5月法里亚斯离开，领队黎兵暂代主教练职务，临时邀请黎兵执教国青时的搭档增援，姜峰出任助理教练、黄洪涛出任守门员教练，具体团队不明。
执教成绩：
中超：2场1胜1平，进5球失4球
足协杯：1场1胜，进4球失1球
经典时刻：
2013年第11轮，广州富力3比2大连阿尔滨
塞尔吉奥·法里亚斯（2011年11月至2013年5月）
主教练：塞尔吉奥·法里亚斯
领队：李树斌（2012年12月27日，李树斌离开，黎兵接任）、黎兵
队务：陈庆明
翻译：黄骏、李岩
队医：格雷斯、杨俊超
助理教练：伊那哈、张增群（2012赛季中期离开）、朱波（2012赛季中期离开）
守门员教练：马瑞科、李鲜中
体能教练：马修斯、邹宏杰
执教成绩：
中超:40场15胜5平20负，进57球丢67球
足协杯:2场1胜1负，进6球失6球
经 典时刻：
2012年第1轮 广州富力3比1北京国安
2012年第2轮 广州富力2比0广州恒大
2012年第17轮 广州恒大0比1广州富力
李树斌（2011年6月至2011年10月）
主教练：李树斌
领队：张增群
助理教练：朱波、马里科
体能教练：邹宏杰
队务/翻译：侯迎克/马里科
队医：杨俊超
执教成绩：
中甲:26场13胜8平5负，进36球失27球
足协杯:2场1胜1负，进3球失1球
经典时刻：
2011年第25轮，广州富力1比0上海东亚
2015年2月17日亚冠联赛资格赛，中央海岸水手1比3广州富力
2015年2月24日亚冠联赛，大阪钢巴0比2广州富力
2000年，深圳足球俱乐部为了加强梯队建设决定加大投入，将原来的二队分成二队和三队两支队伍。 2001年为了改变后备力量严重不足的现象，在全国进行建队以来选材面最广、选材过程最系统的招收梯队队员，以完善梯队的建设体系，向一队输送强有力的生力军，并初见成效，后来的历史证明，这批梯队在日后的困难年代顶上一队人员的流失，为保住深圳足球的火种立下了汗马功劳。 2003年又组建了U15队，即使在2004年深足陷入动荡致梯队建设停滞，但仍将梯队合并继续参加全国U-17联赛、U-19联赛。这批8990年龄段的最后梯队，最早在08年就顶上一线队，09年成为生力军，其中成员至今仍在一线队效力。
2007年，赞助商便提出深圳队组建深圳二队征战香港甲组足球联赛，但提议否决。 2008年深圳队被深圳足协托管后，赞助商仍再次提议，通过港甲联赛，打好俱乐部梯队的基础，培养球员。终于在2008年9月以“香雪上清饮”之名，派出8990年龄段预备队（半年后有大部主力补充入1队备战2009赛季的中超联赛，由来自南山足校的9192年龄段补充）征战2008年－09年香港甲组足球联赛，深圳队由此创造了一项记录就是成为首支同时征战内地和香港联赛的球队（后来有成都谢菲联效仿）。但由于俱乐部整体财力不足，导致球队被迫在香港常驻，无法使用在深圳的训练场地，训练质量难以保证，参赛成绩亦不甚理想，最终位列榜末而需降级到香港乙组足球联赛。随着降级二队也于09年夏退出香港联赛。
2009年1月，前深圳队94年建队元老球员范育红的南山少年足球倶乐部以提供训练基地及队员的方式入股深圳队，故此南山足校9192年龄段的队员（南山区一队）补充进入深足一线队和预备队，9394年龄段（南山区二队）接上为深足三线队，这两支队伍亦早已代表深圳参加广东省运会和广东省中会。在新股东入股后，深圳市体育局许诺加大参与深足梯队建设的投入。同期加盟的助教谢育新带领的盐田体校少年队亦都作为深足梯队加盟。但随着半年后范育红下课、谢育新改到广州市足协二线队任职后，深足与两者的关系发生了重大改变。南山二队9394年龄段的球员由于没有直接和深足签约，遂全部回归南山，后于2012年作为范育红独立山头新组建的球队深圳风鹏的主要生力军进军职业赛场。盐田体校少年队只有极少数球员加入了深足，也并未在与南山9192年龄段中的竞争出头，优秀球员皆被浙江绿城挖走补充入其9394年龄段梯队，代表浙江省参加了2013年的全运会夺得亚军，其中谢鹏飞，陈中流等突出球员于2012赛季便进入一线队征战中超，并入选国字号。盐田少年队在其尖子球员取得成功后，被视为深圳本地足球苗子的一次重大流失。
2010年，由于随南山9192梯队加盟深足的预备队教练张晓东监守自盗，导致连预备队中都出现了人才流失。同年，预备队中补充了少数签自其它俱乐部和地方足协，按当时转会规则不占转会名额的球员。
2011年，由于经济原因以及大运会对一线队都造成的场地困难，深足彻底取消梯队编制并放弃之后年龄段梯队的组建。预备队中的9192年龄段球员不被新帅特鲁西埃提拔入一队者，一律遣散。季前备战期，特鲁西埃错信他上任前代理带一线队操练的预备队教练张晓东做主推荐，导致不少具备真才实力，乃至已在中超赛场中历练过的宝贵人才成为被一线队舍弃的遗珠。部分未能入选的球员由于转会截止临近，和各队基本已无转会名额难以寻找下家，从而获得了一份最低标准的一年合同额外机会，得以留在深足，但也少有机会翻身，部分人后来在季中便纷纷自行离队。中国足协当年正式新推出主客场制的中超预备队联赛。所有中超球队的预备队均需参加，每轮中超联赛结束后的次日，预备队就进行比赛。实以替补阵容组成的“预备队”，由最终为更年轻新援让出名额，而早早退役的深足射手李毅带队参赛。 4月2日，天津泰达预备队在民园体育场以2-0战胜深圳红钻预备队，这也是中国职业联赛和深足首场主客场制的预备队联赛。
2012年，全力争取立刻冲回中超的深足依旧忽视梯队，仅从陕西全运队（原陕西人和梯队，当年组队陕西老城根参加中乙）签下一名曾在深圳学球的青年门将补充入预备队。
2013年，由于被迫缩减投入，从而随着联赛进行逐渐再失冲超机会的深足开始接受委身中甲的新定位，并重启已经一穷二白的青训。先是与外省的青年俱乐部签订代培养协议，后开始从外地签入93至96年的青年球员直接补充入预备队，在预备队练兵。走回自健力宝退出起便一直在用的，从外省寻找“半成品”遗珠再二次加工打造的无实质梯队青训补血机制。另外在深圳本地，亦同教练组中田凯威，王宏伟，及前球员马里科和日夫科维奇，陈永强等在深圳自力民办的少年足球培训机构牵手合作。 10月份，马里科和日夫科维奇的培训班以深圳红钻U15至U17合作青训的名头启动。
